Strukturę Nadleśnictwa Zwierzyniec stanowią:

1) biuro Nadleśnictwa,

2) leśnictwa (12),

3) ośrodek hodowli zwierzyny,

4) Posterunek Straży Leśnej,

5) Leśny Ośrodek Nasienny

Nadleśniczy kieruje Nadleśnictwem na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w Nadleśnictwie, kieruje działem gospodarki leśnej i pracą leśniczych oraz nadzoruje działalność ośrodków hodowli zwierzyny i Leśnego Ośrodka Nasiennego

Dział gospodarki leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa, hodowli lasu , ochrony lasu – w tym ochrony przeciwpożarowej, ochrony środowiska i zagospodarowania turystycznego, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo- księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział administracyjno – gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną Nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury. Działem tym kieruje Sekretarz, który jest jednocześnie bezpośrednim przełożonym Kierownika Gospodarstwa Pomocniczego.

Stanowisko do spraw kontroli zajmowane jest w Nadleśnictwie przez dwóch inżynierów nadzoru. Inżynier nadzoru sprawuje kontrolę prawidłowości wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadań wynikających z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Stanowisko to prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Stanowisko do spraw ochrony informacji niejawnych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań stanowiska należy prowadzenie i nadzorowanie spraw gospodarczo – obronnych, obrony cywilnej, kancelarii tajnej w nadleśnictwie oraz spraw związanych z ochroną tajemnicy państwowej.

Stanowisko do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Do zadań stanowiska tego należy koordynacja całokształtu spraw związanych z przestrzeganiem przepisów i zasad bhp. w nadleśnictwie, analizowanie przyczyn wypadków przy pracy i skutków chorób zawodowych a także stanu zdrowotnego załogi, organizowanie badań, szczepień i innej działalności profilaktycznej oraz podejmowanie środków zaradczych w tym zakresie.

Leśnictwo jest podstawową jednostką terenową w Nadleśnictwie w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje Komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu. Skład osobowy posterunku stanowią strażnicy, bezpośrednio podlegli komendantowi posterunku.

Leśny Ośrodek Nasienny jest jednostką szczególną, zajmującą się łuszczeniem, przechowywaniem i oceną nasion drzew leśnych. W skład LON wchodzi Wyłuszczarnia Nasion (WN), Stacja Oceny Nasion (SON) oraz Regionalny Bank Genów (RBG).